O Boeing 737 da Varig estava perdido no ar havia três horas quando o comandante César Augusto Garcez avisou aos passageiros que só tinha combustível para mais 15 minutos. O avião decolara às 17h35 de Marabá, no Pará, levando 54 almas, com destino a Belém, no mesmo estado, mas tomara a rota errada e se perdera. Às 20h50, o piloto anunciou que tentaria um pouso de emergência no meio da Floresta Amazônica. Disse a todos que assumissem a posição para o impacto, apertando cintos e abaixando as cabeças entre os joelhos. Também pediu aos passageiros que rezassem. Pânico.
O comandante deu início ao pouso com velocidade de 180km/h, sem saber o que encontraria no solo, já que estava escuro para enxergar. Após tocar o chão, a aeronave percorreu cerca de 70 metros rasgando a mata, no Norte do Mato Grosso, até parar numa enorme cratera aberta pelo próprio bico. As asas do Boeing foram arrancadas por árvores de até 30 metros de altura. Parte da cauda também foi separada do avião. A violência da aterrissagem rompeu os suportes que mantinham as poltronas presas ao piso. Com isso, a maioria dos passageiros foi arremessada para frente.
Naquele domingo, 3 de setembro de 1989, as primeiras informações sobre o caso diziam que o voo Varig 254 tinha desaparecido. Aos poucos, ficou claro que havia sobreviventes. A fazendeira Maria das Graças Junes, de Xinguara, no Sul do Pará, ligou para a TV Liberal e contou que seis passageiros haviam atravessado a mata até chegar na sua propriedade em busca de socorro. De acordo com ela, o Boeing pousara em algum ponto do município de São José do Xingu, no território mato-grossense. A moradora local emprestou seu carro para os sobreviventes chegarem até um aparelho de rádio.
O avião foi localizado graças às mensagens de rádio enviadas pelos sobreviventes, a partir de outra fazenda, mas também devido a sinais emitidos pelo sistema de emergência da aeronave. Na manhã do dia 6 de setembro, mais de 48 horas após o acidente, as equipes de resgate chegaram ao local do pouso, após fazerem de base uma fazenda localizada a sete quilômetros de distância.
Onze pessoas estavam mortas quando os socorristas chegaram. De acordo com relatos, apenas um homem morreu na aterrissagem. Ele estava de pé, embriagado, no corredor do avião, e não obedeceu às ordens para se sentar. Segundo passageiros, algumas pessoas pediram para a tripulação liberar a bebida alcoólica, para acalmar os ânimos dentro da aeronave nos momentos de tensão antes do pouso de emergência. Outras 10 vítimas tinham falecido após a parada do Boeing. Gravemente feridas, elas não resistiram à longa espera até a chegada da equipes de emergência.
Muito se machucaram quando as poltronas se soltaram. Bruna Coimbra, de 3 anos, e a mãe, Marinês Coimbra, estavam na primeira fila e foram soterradas por assentos. A criança teve um ferimento grave na perna e passou dias sem água, comida ou remédios. Quando o local do acidente foi encontrado, os socorristas disseram que o helicóptero não poderia descer na mata densa. Bruna teria que esperar até a manhã seguinte para ser levada à fazenda. Foi quando a mãe decidiu carregá-la no colo atrás de ajuda. Ela andou durante quatro horas, à noite, até a fazenda que servia de base para o socorro.
O pequeno Bruno Melazzo, de 1 ano e 8 meses, sofreu um traumatismo craniano durante o pouso. A mãe dele e o irmão, de 4 anos, morreram na floresta esperando socorro. Bruno foi resgatado com vida, mas sua chance era remota. Mesmo assim, o público em todo o país acompanhou as notícias sobre o menino, transferido para o Hospital Israelita Abert Einstein, em São Paulo. No dia 10 de setembro, as esperanças acabaram quando o cérebro do garoto deixou de apresentar atividade. Ele foi declarado a 12ª vítima do pouso de emergência do Boeing 737 da Varig na selva.
Na investigação sobre o acidente, foi constatada uma deficiência no plano de voo entregue pela Varig à tripulação, mas, como a companhia havia alertado sua equipe sobre o problema, o relatório sobre o caso apontou falha da tripulação como principal causa do acidente. Segundo o documento, o piloto e o copiloto erraram ao interpretar a rota que deveriam seguir. Em vez de rumarem para Norte após a saída de Marabá, em direção a Belém, eles foram para Oeste e acabaram se perdendo na Amazônia. Ambos foram condenados a quatro anos de prisão, mais tarde convertidos a trabalho comunitário.
