O padre Marcelo Rossi, umas das personalidades da igreja que ganhou grande visibilidade na mídia, já teve seu nome envolvido em muitas polêmicas. Uma delas ocorreu em 2002, quando foi publicado na imprensa que o padre teria solicitado ao apresentador Gugu Liberato que o humorista Jorge Lafond fosse retirado do palco para que pudesse se apresentar. A situação atípica teria ocorrido no dia 10 de novembro de 2002. Lafond havia sido convidado para participar do quadro Homens vs. Mulheres no programa Domingo Legal, no SBT. Caracterizado de Vera Verão, Lafond integrava o lado feminino da disputa.
Lafond teria sido retirado do palco após um pedido do padre Marcelo Rossi, que se apresentaria dali a alguns minutos. Enquanto aguardava nos bastidores a produção solicitou insistentemente que retornasse ao palco pois o padre já havia saído. Porém, constrangido e amargurado com a situação, não voltou. Numa entrevista à Revista Quem, o padre Marcelo relatou o incidente negando ter discriminado Jorge Lafond e que só tomou conhecimento do incidente depois de sua morte.
Marcelo Rossi também foi acusado de plágio. Em 2009, os websites protestantes Gospel Mais e Folha Gospel e o portal de notícias Cidade Verde divulgaram a notícia de que a justiça teria reconhecido a pastora e cantora Marinalva Santos como a autora de “Noites Traiçoeiras”, canção gravada pelo padre. A notícia afirmava que todos os direitos autorais pertenceriam à cantora. No entanto, a Associação Brasileira de Música e Artes negou que Marinalva Santos fosse a autora da canção. A acusadora passou então a ser ré em um processo movido pelos representantes do verdadeiro autor da canção, Carlos Papae.
Dez anos mais tarde, em 2019, o nome do Padre Marcelo voltou a ser associado a plágio, desta vez em referência ao livro Ágape. O livro chegou a ter sua comercialização suspensa. A polícia realizou uma investigação e concluiu que a acusação era falsa e que o Padre Marcelo Rossi estava sendo vítima de estelionato. Com isso, a acusadora foi presa, juntamente com mais duas pessoas e indiciada por utilização de documento fraudado, formação de quadrilha, denunciação caluniosa e estelionato.
Atentado – Ainda no ano de 2019, durante uma missa em Cachoeira Paulista, uma mulher furou a segurança, invadiu o palco durante a celebração que acontecia na Canção Nova e empurrou o padre de cima da estrutura. Pelo menos 50 mil pessoas participavam da celebração. Apesar da queda, o padre voltou ao palco minutos depois e continuou a celebração. De acordo com a Polícia Militar, a mulher foi encaminhada para a delegacia de Lorena e prestou depoimento. A PM informou que a ocorrência foi feita pela Canção Nova porque o padre Marcelo Rossi decidiu não registrar a agressão. Os acompanhantes informaram à PM que a mulher sofria de transtornos mentais.
